会社の口座にお金が入ってくるとはいっても、融資や借入れとは何が違うのでしょうか？

　主に、融資や借入れは、会社が何らかの行動を起こすため（新規ビジネスや設備投資をするなど）に、その行動を起こす前に会社の口座にお金が振り込まれるのに対し、助成金の場合は何らかの行動を起こしたあと（創業した、教育訓練をさせた、定年延長をした、従業員を採用したなど）、こちら側から申請し、会社の口座に振り込まれるものです。
　したがって、「会社の何らかの行動の評価」として国が助成金を支給するものであり、助成金が支給されるまでのキャッシュが必要な期間は、キャッシュが潤沢にある場合を除いては、融資などを実行していただき、資金繰りを支える必要があります。

　また、通常融資や借入れには、利息を付して返済をするのに対し、厚生労働省系の助成金では、振り込まれたお金すら返済する必要もありません（不正受給をした場合は、利息を付して返還する必要がありますが・・・）。